W lutym 1961 roku rozpoczął działalność Inspektorat Żeglugi Śródlądowej w Szczecinie, przejmując nadzór nad żeglugą śródlądową od Rejonów Dróg Wodnych w Szczecinie i Gorzowie. Na biuro Inspektoratu wyznaczono dwa pokoiki przy ul. Łasztowej 55 (późniejszej Energetyków), gdzie funkcjonował do roku 1994.
Trud tworzenia Inspektoratu Żeglugi Śródlądowej powierzono Panu Marianowi Generalczykowi,pełniącemu obowiązki kierownika do roku 1964. W roku 1964 kierownikiem Inspektoratu został Pan Mieczysław Przybylski,który pełnił tę funkcję przez kilkanaście lat, aż do roku 1981. 15.12.1981r. Minister Komunikacji powołał na stanowisko kierownika Inspektoratu Pana Zdzisława Morynia, pracującego uprzednio na stanowisku starszego inspektora nadzoru nad żeglugą. Pan mgr Zdzisław Moryń, absolwent Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu im. A. Mickiewicza oraz Technikum Żeglugi Śródlądowej we Wrocławiu. W 2002 roku otrzymał nominację na Dyrektora Urzędu, którą to funkcję pełnił do czasu przejścia na emeryturę w roku 2008. Od 01.08.2008 roku Dyrektorem Urzędu Żeglugi Śródlądowej został Pan dr Krzysztof Woś, absolwent technikum Żeglugi Śródlądowej w Kędzierzynie – Koźlu oraz Wydziału Transportu i Łączności Uniwersytetu Szczecińskiego.
We wrześniu 1994r. siedziba Inspektoratu została przeniesiona na pl. Batorego 4 (budynek Urzędu Morskiego). Przez kilka lat Inspektorat posiadał 8 placówek terenowych, z których do dziś funkcjonuje placówka w Szczecinie-Podjuchach, Gryfinie oraz Kostrzynie nad Odrą.