Zarządzeniem nr 03/2013 Dyrektora Urzędu Żeglugi Śródlądowej w Szczecinie z dnia 9 kwietnia 2013 r. nadano nowy Regulamin Organizacyjny, na podstawie którego określono schemat organizacyjny, zadania urzędu oraz zakres działania pracowników i dyrektora urzędu.